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苏建忠教授团队开发首个眼部疾病多组学数据整合注释分析平台EyeDiseases

发布时间:2021-06-01 13:51:42 浏览量:1277

眼部疾病十分常见,据世界卫生组织报告,在全球范围内至少有22亿人近视力或远视力受损。近年来眼部疾病的基因组规模的数据不断增加,但缺乏对不同类型组学数据的有效收集和综合分析平台。温州医科大学眼视光医院/生物医学院工程学院的瞿佳教授和苏建忠教授团队合作开发第一个用于人类眼部疾病多组学数据整合挖掘分析和应用的数据库平台“EyeDiseases”,相关研究成果《EyeDiseases: An integrated resource for dedicating to genetic variants, gene expression and epigenetic factors of human eye diseases》发表在NAR Genomics and Bioinformatics上。助理研究员袁健、研究生陈福坤、樊丹丹为共同一作,瞿佳教授、苏建忠教授为共同通讯作者。

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EyeDiseases系统收集了185种人眼疾病眼的基因组遗传、转录组、表观基因组和药物基因组等多组学数据,整合了710Microarray1056RNA-seq 表达数据、8套单细胞RNA-seq表达数据和105套表观基因组数据,对原始数据进行进行标准化整合处理和统计分析,系统挖掘 1344个具有遗传变异的疾病相关基因。并提供了一个用户友好的网络界面(https://eyediseases.bio-data.cn/)访问所有数据并进行分析。支持五种主要的检索方法:不同疾病类型、基因名、遗传突变、转录和表观基因组修饰。并提供多功能分析模块:基因疾病互作网络模块、功能注释模式、基因筛选最优化模块、共表达和表观遗传改变识别模块等,便于没有编程经验的生物学家和临床医生能够获得现成的多组学数据并执行各种数据分析,成为与眼疾领域相关的科学和临床社区的数据查询和分析的有力工具。

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论文索引:Jian Yuan#, Fukun Chen#, Dandan Fan#, Qi Jiang, Zhengbo Xue, Ji Zhang, Xiangyi Yu,Kai Li, Jia Qu*, Jianzhong Su*. EyeDiseases: an integrated resource for dedicating to genetic variants, gene expression and epigenetic factors of human eye diseases. NAR Genomics and Bioinformatics2021 june 6;qab050. doi: https://doi.org/10.1093/nargab/lqab050

原文链接:https://academic.oup.com/nargab/article/3/2/lqab050/6290624?searchresult=1


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